L’Ordine ha una struttura prettamente gerarchica, al vertice della quale si pone il Cardinale Gran Maestro che, nominato direttamente dal Santo Padre, regge e governa l’Ordine. Fu Pio XII nel 1949 a stabilire che il Gran Maestro dell’Ordine fosse un cardinale, assegnando al Patriarca di Gerusalemme la prerogativa di Gran Priore. Attualmente è il cardinale Fernando Filoni a rivestire questo ruolo importante alla guida dell'Ordine.
Il Gran Magistero è un organo convocato e presieduto dal Cardinale Gran Maestro per assisterlo e coadiuvarlo nel governo e nella gestione dell’Ordine. Si riunisce due volte l’anno e provvede a predisporre e programmare le attività dell’Ordine nei vari paesi in cui l’Ordine è presente e, in particolare, in Terra Santa. Inoltre approva, oltre ai bilanci dell'intera l'istituzione, i progetti specifici di solidarietà che ogni anno l'Ordine porta avanti in Terra Santa.
