L’Ordre a une structure strictement hiérarchique, au sommet de laquelle figure le cardinal Grand Maître qui, nommé directement par le Saint-Père, gère et gouverne l’Ordre. Ce fut Pie XII qui, en 1949, établit que le Grand Maître de l’Ordre serait un cardinal, confiant au Patriarche de Jérusalem la prérogative de Grand Prieur. C’est actuellement le cardinal Fernando Filoni qui remplit ce rôle important à la tête de l’Ordre.
Le Grand Magistère est un organe convoqué et présidé par le cardinal Grand Maître, pour l’assister et collaborer avec lui dans le gouvernement et dans la gestion de l’Ordre. Il se réunit deux fois par an et se charge de préparer et programmer les activités de l’Ordre dans les différents pays où l’Ordre est présent, en particulier en Terre Sainte. Il approuve, en plus des bilans de l’institution tout entière, les projets spécifiques de solidarité que l’Ordre mène à bien chaque année en Terre Sainte.
