Circa 30.000 Cavalieri e Dame di una quarantina di nazioni sono attualmente organizzati in quasi 60 Luogotenenze e – dove l'Ordine è in fase iniziale di crescita – in una decina di Delegazioni Magistrali.
Queste strutture periferiche sono esse stesse composte da diverse Sezioni suddivise a loro volta in Delegazioni. I responsabili locali, Luogotenenti, Delegati Magistrali e Presidenti di Sezioni o di Delegazioni sono affiancati nel loro compito, a vari livelli, dagli ecclesiastici, i Priori.
L'impegno spirituale dei membri è accompagnato da un'importante chiamata al sostegno finanziario in favore della Chiesa in Terra Santa, in particolare – ma non solo – del Patriarcato Latino di Gerusalemme. Il Gran Priore dell'Ordine è il Patriarca Latino di Gerusalemme.
Per coordinare l'insieme dell'Ordine a livello universale, il Gran Maestro, un cardinale designato dal Papa, è affiancato da un consiglio di governo che ha sede a Roma, chiamato Gran Magistero. L'esecutivo del Gran Magistero è costituito dal Governatore Generale, quattro Vice Governatori, e il Cancelliere dell'Ordine. Il Governatore Generale segue l'organizzazione strutturale e materiale, in particolare le attività sociali e caritative in Terra Santa. Il Cerimoniere guida e assiste il Gran Maestro nello sviluppo spirituale dell'Ordine. Fanno parte del Gran Magistero anche l'Assessore e il Luogotenente Generale.
I mandati di tutti i responsabili dell'Ordine hanno una durata di quattro anni, con la possibilità di un solo rinnovo.