La Orden posee una estructura estrictamente jerárquica, en su cumbre figura el cardenal Gran Maestre que, nombrado directamente por el Santo Padre, administra y gobierna la Orden. Fue el papa Pío XII quien, en 1949, establece que el Gran Maestro de la Orden sería un cardenal, confiando al Patriarca de Jerusalén la prerrogativa de Gran Prior. Es actualmente el cardenal Fernando Filoni quien cumple este papel importante a la cabeza de la Orden.
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