La Orden posee una estructura estrictamente jerárquica, en su cumbre figura el cardenal Gran Maestre que, nombrado directamente por el Santo Padre, administra y gobierna la Orden. Fue el papa Pío XII quien, en 1949, establece que el Gran Maestro de la Orden sería un cardenal, confiando al Patriarca de Jerusalén la prerrogativa de Gran Prior. Es actualmente el cardenal Fernando Filoni quien cumple este papel importante a la cabeza de la Orden.
El Gran Magisterio es un órgano convocado y presidido por el cardenal Gran Maestre, para prestarle asistencia y colaborar con él en el gobierno y en la gestión de la Orden. Se reúne dos veces por año encargándose de preparar y programar las actividades de la Orden en los diferentes países donde está presente, en particular en Tierra Santa. Además de los balances de la institución entera, también aprueba los proyectos específicos de solidaridad que la Orden lleva a cabo cada año en Tierra Santa.
